法律分析：职业病是指在特定劳动条件下，由于工作原因导致的慢性病或其他健康问题。《中华人民共和国职业病防治法》规定，职业病的认定和赔偿应当依照法律程序进行，公司不承认员工患有职业病时，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
1.申请复检：职业病诊断应当由具备职业病诊断资质的医疗机构进行，如公司认定不准确可以申请向相关部门或指定医院复检。
2.申请劳动争议仲裁：如公司不承认员工患有职业病，员工可以向当地劳动争议仲裁机构申请仲裁。
3.提起诉讼：如劳动争议仲裁无法解决，员工可以向人民法院提起诉讼。
法律依据：
《中华人民共和国职业病防治法》第六条：职业病的认定和赔偿应当依照法律程序进行，实行分级认定、分类管理、综合治理、分级赔偿的原则。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第三十五条：劳动者就劳动权益纠纷向劳动争议仲裁机构申请仲裁的，应当向用人单位所在地、劳动争议发生地、劳动者居住地等地有管辖权的劳动争议仲裁机构申请。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零一条：民事诉讼的当事人不服人民法院作出的判决、裁定的，可以在判决、裁定书送达之日起十五日内提出上诉。
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