法律分析：发明专利申请在实质性审查过程中被驳回的原因：
1、申请的主题不是发明；
2、申请的主题违反国家法律、社会公德或者妨碍公共利益；
3、申请的主题属于不授予专利权的技术领域；
4、申请的主题不新颖、不创造、不实用；
5、申请的主题不符合同一发明创造只能授予一项专利的规定；
6、申请人不是本发明首先提出的专利申请人；
7、申请说明书对发明创造没有明确、完整的说明，申请的权利要求书没有按照说明书说明专利保护的范围；
8、申请的主题不符合发明专利申请单一性要求的规定；
9、修改申请文件或者分案申请超出原说明书或者权利要求书记载的范围。
法律依据：《中华人民共和国专利法》
第二十六条 申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。
请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。
说明书应当对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；必要的时候，应当有附图。摘要应当简要说明发明或者实用新型的技术要点。
权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。
依赖遗传资源完成的发明创造，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源；申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。
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