安徽农业科学.Journal of Anhui A .Sci.2009。37(32):15924—15925,15943 责任编辑张杨林责任校对 张士敏 土壤微生物多样性分析技术研究进展 黄艳霞 (苏州出入境检验检疫局,江苏苏州215000) 摘要对土壤微生物多样性的3类主要研究方法及其应用特点进行了简要的评述和分析,指出使用Biolog分析、磷脂脂肪酸分析和分 子生物学分析方法可研究和表征那些目前还不能够被培养的微生物,从而获取关于土壤微生物多样性的更多和更完整的信息。 关键词土壤微生物;微生物多样性;分子生物学 中图分类号S 154.3 文献标识码A 文章编号0517—66l1(2009)32—15924—02 土壤微生物包括从原核到真核的不同类群的生物:细 菌、放线菌、原生动物、真菌、藻类和病毒,是生物多样性的重 要组成部分。土壤微生物群落作为生态系统中极重要的一 环,对植物的生长、生态系统中能量流动和物质循环及环境 污染物的降解和解毒等方面起着重要作用 ~。 1 土壤微生物群落多样性概念 土壤微生物群落多样性是指土壤微生物群落的种类和 种间差异,一般包括物种多样性、遗传多样性、结构多样性及 功能多样性。物种多样性是微生物多样性最基本的内容,指 土壤生态系统中微生物的物种丰富度和均一度,是多样性分 析中最直观、最容易理解的要素。与高等生物相比,不同种 群问的遗传物质和基因表达具有很大的差异,因而微生物多 样性在分子水平尤为突出。结构多样性是指土壤微生物群 落在细胞结构组分上的多样化程度,是导致微生物代谢方式 和生理功能多样化的直接原因。土壤微生物群落有多种多 样的代谢方式和生理功能,可以适应各种生态环境,并以不 同生活方式与其他生物相互作用,这就表现出功能上的多样 性 。 2 土壤微生物群落多样性分析方法 2.1传统培养方法传统研究方法是利用选择性平板培养 基将微生物从土壤中分离,实验室培养和鉴定。这种方法对 于衡量小群体多样性方面不失为一种快速方法。由于这种 方法人为限定了一些培养条件,无法全面反映微生物生长的 自然条件,常常造成某些微生物的富集生长,而另一些微生 物缺失。另外,由于缺乏对微生物真正生存环境的认识,所 以80%一99%的微生物种不可培养或未能得到培养 。传 统的研究方法只能反映极少数微生物的信息,所测结果误差 较大,埋没了大量极有应用价值的微生物资源。因此传统培 养方法只能作为一种辅助手段,并且只有与其他先进方法结 合起来才能较为客观而全面地反映土壤微生物群落结构的 真实信息。但这种方法在分离具有一定功能的特殊目标物 种时是非常有用的,利用这种方法已获得许多很有应用价值 的微生物种类,并应用于基因介导及生态修复等方面 。 2.2生物化学方法 2.2.1基于DNA动力学的研究方法。研究者认为,DNA混 合物的复杂性可用 t 1/2值(经热变性解链后,50%的DNA 链复性为双链DNA所需的时间)表示:Cot 1/2值越大,DNA 作者简介黄艳霞(1980一),女,安徽安庆人,硕士,从事细菌的研究 工作。 收稿日期2009-07-20 复性所需时间就越长,相应的DNA混合物就越复杂。提取 环境样品中的总DNA,测量其Cot 1/2值,并与简单DNA(如 质粒或单基因组)Cot 1/2值相比,可知该DNA样品的复杂 程度。Torsvik等研究了挪威等地的森林土壤样品,通过提取 样品中总DNA,然后在高压下将DNA剪切成420 kD的片 段,测定热变性复性过程,得到Cot 1/2值,结果显示,该土样 的基因多样性是一般分离法所得基因多样性的200多倍 。 还有些研究者也对土壤微生物及浮游细菌群落作了DNA复 性动力学研究,比较了群落间基因多样性的差异。 2.2.2基于酶动力学的研究方法。早在20世纪70年代就 有研究者利用基于微生物酶动力学的方法来研究微生物群 落的功能和结构 。这些研究主要集中在微生物群落的酶 活性方面。微生物群落中含有的酶种类非常多,不同微生物 群落的代表性酶种类也有所不同,因此该方法缺少标准性, 较难将其应用于不同微生物群落的多样性研究上。Garland 等建立起一套利用BIOLOG微平板鉴定系统来研究不同环 境下的微生物群落结构和功能多样性的方法 。借助于多 底物的ELISA反应平板——B10LOG GN(BIOLOG,Inc., Hayward,CA)可研究不同微生物群落对单一碳源底物的利 用能力(Sole—Carbon—Source Utilization,SCSU)的差异,获得微 生物群落结构和功能多样性方面的信息。BIOLOG GN微平 板反应系统最早用来鉴定不同的细菌分离菌,由于快速简 便,该系统逐渐被用于研究微生物群落潜在功能上的差异及 其多样性。如Zak等研究了6种不同植物群落中的土壤微 生物群落的功能多样性,认为该方法能较好地反映不同微生 物群落间在多样性上的差异0 ;John等对锌污染下的土壤 微生物群落进行了研究,发现锌污染会影响土壤微生物群落 结构。 ;BIOLOG GN系统还被广泛应用于植物根际、植物落 叶层以及植物叶系等环境中的微生物群落结构和功能多样 性上。 2.2.3磷脂脂肪酸分析研究法。White等用磷脂脂肪酸分 析(PLFA)来研究微生物群落结构、营养结构和代谢活性 。 磷脂脂肪酸是极性脂类派生脂肪酸(PLFAs)的一种。它是 微生物细胞膜的主要组成成分,对于许多属的微生物而言, 磷脂脂肪酸是一种特定的生物标记物。不同的微生物有不 同的PLFA特征,因此PLFA可对自然条件下的微生物群落 样品进行群落特征研究。近年来,许多研究者利用PLFA法 研究微生物群落物种、结构和功能的多样性。此外,PLFA还 被广泛应用于沉积物、溪流及植物根际中微生物群落的生物 量、物种和结构多样性以及营养状况的研究 ” 。 2.3分子生物学方法DNA的多样性是生物多样性的本质 37卷32期 :‘ - 黄艳霞 土壤微生物多样性分析技术研究进展 15925 内容。现代分子生物学技术在微生物多样性研究上的应用 克服了微生物培养技术的限制,能对样品进行客观的分析, 境样品中的微生物,通过直接从环境样品中提取5S rRNA分 子,并电泳分离测序来研究微生物生态和进化 ]。该方法 很快被用于微生物多样性研究领域。由于5S rRNA相对较 小,携带信息少,随后开展了16S rRNA研究。 目前,16S rRNA分析广泛应用于土壤微生物多样性的 研究上。以16S rRNA研究微生物多样性的基本步骤:①样 更精确地揭示了微生物种类和遗传的多样性。 2.3.1对微生物总DNA扩增和分析技术。随着从土壤中 提取和纯化微生物总DNA方法的发展,使对土壤总DNA进 行PCR(Polymerase Chain Reaction)扩增成为可能 -16],从而 推动了利用分子标记技术研究土壤微生物多样性的发展。 品总DNA的提取;②用可选择性扩增编码16S rRNA的DNA 序列的多聚寡核苷酸引物对DNA进行PCR扩增;③对PCR 扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)或温度梯度凝胶 从环境样本中提取微生物总DNA有2种方法:①直接用机 械或化学的方法破碎样品中的微生物,释放出总DNA ;② 从样本中分离出微生物细胞,然后抽提DNA l l。从总体上 来讲,前一种方法更能代表环境样本中微生物遗传多样性的 实际情况 。 对环境样品微生物总DNA进行PCR扩增,根据所用引 物、反应条件的不同,其产物的分析方法也不同。主要有:① 对扩增产物以变性梯度凝胶电泳(DGGE)或温度梯度凝胶 电泳(TGGE)直接显示DNA多样性 ;②将扩增产物应用 于分子杂交和限制性片段长度多态性(RFLP)分析。 随着基于PCR扩增反应的分子标记技术的发展,DNA 分子标记技术也广泛应用于土壤微生物多样性研究。目前 应用的分子标记技术主要有单链构象多态性分析(ss— CP) 、末端限制性片段长度多态性分析(T.RFLP) 、随机 扩增片段长度多态性DNA(RAPD)和扩增片段长度多态性 (AFLP)等。 2.3.2以核酸杂交技术研究微生物多样性。核酸分子杂交 技术是于20世纪70年代发展起来的一种崭新的分子生物 学技术。它是基于DNA分子碱基互补配对的原理,用特异 性的cDNA探针与待测样品的DNA或RNA形成杂交分子的 过程。由于它的高度特异性和灵敏性,近年来被广泛应用于 微生物多样性的研究上。 用于微生物多样性研究的探针主要有双链DNA、单链 DNA和RNA以及寡核苷酸探针3类,可在多个层次上对微 生物在特定环境中的存在、分布和丰度等情况进行研究。主 要有以下4个层次: (1)直接在环境样品上进行原位(/n situ)杂交,可获得 不可培养的微生物多样性的大量信息,如微生物的形态特征 和丰度,以及在样品上的空间分布和动态。目前原位杂交是 核酸杂交技术中应用较多的方法。近年来发展起来的荧光 原位杂交技术(FISH)较大地推动了土壤微生物群落的检测 和定量化研究 。 (2)对富集分离的微生物菌落进行全细胞杂交,可提供 比点渍杂交更详细的信息。 (3)对从环境样本提取出的DNA或rRNA进行数量点 渍杂交,可获得有关特定DNA或rRNA序列丰度的信息。应 用该方法,Ritz等研究了土壤微生物群落种群结构的变化, 用来评估海洋浮游细菌群落的结构相似性 。 (4)与rDNA的扩增产物或rRNA的反转录产物进行杂 交,这是基于微生物rRNA信号序列在不同物种层次差异性 基础上的,根据这些信号序列设计寡核苷酸探针可检测不同 微生物。 2.3.3 16S rRNA序列研究。Pace等首次利用rRNA确定环 电泳(TGGE)分析,该分析技术是基于双股DNA片段在变性 梯度和温度梯度上迁移时解链行为不同原理的。 3小结 上述各种方法在获取土壤微生物多样性信息方面各有 优劣势,因此为获取更加全面、准确的土壤微生物群落组成、 结构及变化等信息,在实际工作中,常常是采取多层次多角 度的研究手段,同时使用2~3种分析方法,互相补充,避免 使用单一方法所带来的偏差,这也是研究者在对土壤微生物 多样性进行分析时应重点关注的问题。 参考文献 [1]SCHLENSINGER W If.Evidence from chronoseqence studies for a low carbon—storage potential of soil[J].Nature,1990,348:232—234. 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(下转第15943页) 37卷32期 郭家祯等主成分分析法在太湖流域水环境可持续性评价中的应用 15943 100%,也就是说前3个主成分所携带的数据信息就已经完全 式,导致了经济结构的严重不合理,进一步加大了污染物的 包括了原来17个指标所携带的数据信息。这样就大大化简 排放和资源消耗,给太湖流域水环境带来重大压力。同时, 了数据结构,使分析问题的困难大大降低。事实上,根据最 人口的快速增长和人们的环保意识低下,导致水资源大量使 小m的选取标准(E,>80.000%),只要选取前2个主成分, 用及环境治理落后,加大了水环境的破坏。这2方面的原因 和最完善的经济体,可持续发展水平远远高于其他省市。 因此,为了更好地改善太湖流域水环境污染现状,维持 和水环境污染物治理的投资及进行经济结构的升级。 参考文献 293. 因为它们所包含的数据信息为88.63%>80%,而损失的数 可从各省市的计算结果得到验证。上海市作为发展最长久 据信息只有11.387%。因此,在此选取2个主成分。 (7)根据主成分Z】,z2和对应的权数e,,e 之积Z = 从表5可以看出,上海市水环境可持续发展状况最好,其次 Z e。+Z2e:计算得到各省(市)的综合主成分及排名(表5)。 水环境的可持续发展,各地区必须加大环保意识的宣传力度 是江苏、浙江,最后是安徽。而从综合主成分数据可以看出, 水环境可持续发展水平不高,存在严重的水环境问题。 表5 各省(市)的主成分及综合主成分及排名 Table 5 Principal component。synthetic pdndpal component and 除了上海市为2.002,其他省都小于1.000,这说明太湖流域 [1]孙继昌.太湖流域水问题及对策探讨[J].湖泊科学,2005,17(4):289— [2]2008年太湖健康状况报告[R].2OO8. [3]陈荷生,宋祥甫,邹国燕.太湖流域水环境综合整治与生态修复[J].水 利水电科技进展,2008(3):76—79. [4]廖文根,彭静,骆辉煌.关于太湖流域水污染防治策略的思考[J].中国 水利水电科学研究院学报,2005(1):8—12,17. [5]冯利华,马末宇.主成分分析法在地区综合实力评价中的应用[J].地理 与地理信息科学,2004(6):73—75. 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H,ZHANG H Z.Characteristics and measurements of ecological 放以来,太湖流域经济得到了快速发展,短短几十年内走过 [15]WANG R 了西方国家的百年历程。经济的快速增长固然带来巨大财 富,然而大量的经济生产活动必然带来污染物大量排放和资 源消耗,同时由于短期内的快速扩张和落后的经济发展模 (上接第15925页) ll6 I PORTEOUS L A,wA RuD R J,sEID【 R R J.A impmved method for purlfying DNA from soil for polymerase chain reaction ampliicatfion and compensation in ceosystem[J].A cultural Science&Technology,2o08,9 (6):10—13. Journal of Food Microbiology.20O7,ll6:126一l35. 『21]OSBORN A M.MOORE E R B,TIMMIS K N.An evaluation of terminal molecular ecology applications【J 1.Mol Ecol,l997,6:787—791. 『l71 CHEN J S.WE1 C,MARSHAIJ M R.Inhibition mechanism of kojic acid restirction fragment length polymorphisms(T RFLP)analysis for the study of micIobila conlnlunity structure and dynamics[J].Environmentla Micro- biology.200O,2:39—50. ‘ on polyphenol oxid ̄e[J].J A c Food Chem,1991,39:1897—1901. 『18]BRENNA O.BIANCHI E.Immobilised lcase faor phenolic removal in Mustand wine『J 1.Biothechnol Lett,1994,16:35—40. 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