法律分析：1、导致诉讼拖延。一般启动重新鉴定程序后，法院会对案件中止审理，视鉴定情况再恢复审理。
但是，如果重新鉴定中，被鉴定人不配合鉴定，鉴定是无法进行的，由于鉴定结论迟迟无法确定，导致案件久拖未决，甚至会导致案件超审限、超期羁押。
2、影响案件审理。鉴定结论可以直接证明被害人或当事人的伤残等级；
影响到犯罪嫌疑人是否有罪，罪重罪轻或当事人承担的民事责任大小，赔偿金额等。鉴定结论对于案件的审理有着十分重要的意义。
3、引发涉诉信访问题。被鉴定人不配合鉴定，导致重新鉴定无法进行，除了对案件本身有很大的影响外，还容易引发涉诉信访问题。
由于被鉴定人不配合鉴定，另一方当事人又对原有的鉴定结论持有合理怀疑，最后案件的审理结果必然无法让当事人信服。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百四十六条 为了查明案情，需要解决案件中某些专门性问题的时候，应当指派、聘请有专门知识的人进行鉴定。