在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。
一、合同履行地如何认定
1、合同履行地首先以双方约定的履行地为准即合同明确约定的履行地点为合同履行地，而不依据实体履行义务的地点确定合同履行地，如到货地、到站地、验收地、安装调试地为合同履行地。2、合同履行地的确定规则必须根据当事人诉讼请求和结合合同履行义务确定合同履行地。当事人双方未约定合同履行地的，在合同履行地的确认中，给付货币和交付不动产的履行地比较容易确定，难以确定的主要是其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。在此，必须根据当事人诉讼请求和合同的性质来确定合同履行地。3、关于履行义务一方所在地的含义司法解释以程序法规定为原则结合实体法内容确定合同履行地的规则，因此，履行义务的含义要结合实体法内容确定。4、有多个合同履行义务如何确定履行地的问题合同项下的义务可能是单一的，也可能是多个的，应当依照履行合同主要义务所在地确定为合同履行地，何为主要义务，也要结合合同履行的实体内容来确定。当主要义务履行地无法确定的，两个以上合同履行地的人民法院都有管辖权的，依照民事诉讼法第三十五条的规定确定管辖法院。5、合同履行地应当以书面约定为准管辖协议应当采用书面形式，包括以合同书、信件和数据电文（包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件）等形式达成的选择管辖法院的协议。将书面形式从合同书、信件扩展到数据电文等有形形式，是现代信息社会发展的必然要求，也为近年来的我国立法所确认。6、约定的地点与实际履行地发生冲突的处理当事人在合同中约定某一具体义务的履行地，不仅有实体法上的意义，还可能有诉讼法上的意义。约定由合同签订地、履行地人民法院管辖，但实际签订地、履行地与约定的签订地、履行地不一致时，应当以约定地为准作为确定管辖权的依据，当事人在约定合同履行地时，双方对管辖有预期，不因与实际履行地不符而改变。7、约定不明确的合同履行地在审判实践中，有两种较为常见的约定不明确的管辖协议。一是约定由守约方所在地法院管辖。要判断何方当事人守约，需要经过实体审理方能确定，在确定管辖权的阶段无法判明，这类约定不明确的管辖协议无法执行，应当认定为无效。8、未履行合同的合同履行地确定合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。在对管辖争议处理时，主要根据当事人的主张对合同是否履行作形式审查。因此，如果合同没有履行，合同对履行地有约定的依照约定确定管辖，但是，当事人双方住所地均不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖；合同没有约定履行地也没有实际履行的，也应由被告住所地人民法院管辖。但不能违反专属管辖和级别管辖的规定。
二、民间借贷管辖法院怎么确定
民间借贷管辖法院的确定可以通过以下方式：
1、若合同约定了由“联系点”的人民法院管辖，分三种情形：
(1)约定管辖明确，且约定管辖具有排他性，则案件只能由约定管辖法院管辖;
(2)约定管辖明确，但约定管辖不具有排他性，则案件可以由当事人选择约定管辖或法定管辖;
(3)约定管辖不明确，则案件适用法定管辖情形。
2、若合同没有约定管辖法院或约定管辖不符合法律要求，则适用法定管辖：
(1)原告就被告原则;
(2)合同履行地原则。
【本文关联的相关法律依据】
根据《民事诉讼法》第34条规定：合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。